A kolostort alapított alsó Maura Dias 1280-ban apácák számára klarissok. A kolostor azonban nem tartott sokáig, és 1311-ben megszűnt. 1316-ban a király felesége Dinis I. Izabella királyné Portugália, a felújított kolostorban.

Izabella királyné Portugália is az úgynevezett "Szent Queen", mert az ő kivételes jámborság és az igazságosság. A királynő is híresek jó karakter a kórházak, árvaházak és iskolák. Halála után férje, király Dinis, ő visszavonult a kolostorba. És 1336 a királynő meghalt és eltemették a kolostorban a sírban, díszített gótikus stílusban. 1626-ban Izabella királyné szentté avatták az ő szeretet és a jó cselekedetek.

Az első építész a kolostor volt, Domingos Domingues, ismert munkája a galéria a kolostor Alcobaça. Így folytatta a munkát ezen építész Estevao Domingues, aki híres volt a munka a galériák székesegyház Lisszabonban. 1330 felajánlását a templom, majd a déli része a templom épült egy kolostor. A kolostor nagyon gyakran be pénzadományt és ajándékokat. Elején a XVI században, a templomot díszítik, sevillai csempék és telepített új oltárok.

Mivel a kolostor és templom épült a bal parton a folyó Mondego, majd egy évvel később az épületet elárasztotta át a bankok a folyó vizek. És évszázadok óta a kolostor elöntött sokszor. Mivel a gyakori árvizek a kolostor nem volt lehetséges, hogy, és János király IV elrendelte, hogy hagyja el az épületet, és mozog egy új kolostor - kolostor a Santa Clara-a-Nova, egy dombon, nem messze a régi épület. A sír maradványait Izabella királyné és más királyi személyek kerültek át az új épületbe.

Idővel, a régi kolostor romjai. 1910-ben az épület szerepel, mint egy emlékmű országos jelentőségű, és néhány rekonstrukciós munkák idején az első felében a huszadik század.