Építése az új épület a kolostor Santa Clara Coimbra indult 1649-ben. Régi kolostor épült végén a XIII században, elpusztult, és úgy döntöttek, hogy egy új épületet az apácák rendjének Santa Clara.

A projekt egy bencés szerzetes a kolostor és a királyi építész João Turriano, felelős az építőiparban a királyi építész Mateus do Couto. Új építési tartott sokáig. 1677-ben egy új épület a kolostor, amely néven vált ismertté a kolostor Santa Clara-a-Nova, hajtott apácák. 1696-ban a templomot felszentelték.

A fő portál a kolostor temploma díszíti a királyi címert, amely támogatja a két angyal. A belső tér a templom barokk stílusban. A templom egyhajós, kereszthajó hiányzik. Az oldalsó kápolnák és a fő kápolna díszített 14 oltárképek a XVII században a stílus "Talya dorado" - oltárképeket keretezett faragott, aranyozott fa. Ezen kívül egy új kolostort költözött sír maradványait Izabella királyné Portugália, az alapító a kolostor. Halála után férje, király Dinis, a királynő volt, Coimbra zárdában Santa Clara-tól haláláig, és eltemetteték ott. Ezért a helyiek körében ez a kolostor hívják a kolostor Izabella királyné. A sír hamu, ezüst és kristály, közelében található a főoltár a templom. A templom előtt áll egy emlékmű, hogy Izabella királyné, szobrász Antonio Teixeira Lopes a XIX.

1733-ben a kolostor kerengő épültek a reneszánsz stílusban. Az építkezés ezen galériák felelős a magyar építész Carlos Mardel.