Templom a San Sebastian városában található, egy domb tetején, közel a halpiac, az északi része a régi város Lagos. Erről a helyről lenyűgöző panorámás kilátás nyílik az öbölre. A templom tartják az egyik legrégebbi és legszebb templom a városban.

Még mielőtt a templom épült ezen a helyen 1325-kápolna volt a Szeplőtelen Fogantatás a Boldogságos Szűz Mária. 1463-ban, püspök João de Mello tette, hogy ezen a helyen egy templom épült. 1490-ben, végzésével a portugál király, Don João II, voltunk újra elvégzett rekonstrukciós munkák, és az egyház bővítették. Ezt követően a templomot felszentelték a Church of San Sebastian (templom Szent Sebestyén). Sajnos, ahogy ez számos történelmi épületek Portugáliában, az egyház látszólag elpusztult a lisszaboni földrengés 1755-ben. A templomot helyreállították, és a két évszázaddal később, a templomot ismét földrengés pusztította el, hogy történt 1969-ben. Idővel a templom ismét helyreállt.

A templom belsejében a háromhajós elválasztott dór oszlop. Az eredeti főoltár a templom nyúlik vissza, a XVI században. Oltár négy panelek. Várható, hogy ezek a panelek létre az egyik leghíresebb művészek Algarve a XVI században Alvaro Dias. A templom megtartották a régi terv a város. 1828-ban, a templom a torony egy harang.

1924-ben, a templom a San Sebastian már szerepel egy emlékmű országos jelentőségű.