Egyház Santa Cruz-ban épült jezsuita szerzetesek 1608-ban, mint a plébániatemplom a kínai bevándorlók Manilában, amelyek közül sok elfogadták a keresztény hitet. Amikor a jezsuiták kizárták a Fülöp-szigeteken, az egyház tulajdonába került a domonkos szerzetes. A templomot majdnem kétszer elpusztult egy hatalmas földrengés és súlyosan megsérült során a híres csata Manila 1945 februárjában, amely véget a közel három éves japán megszállás a város.

Amikor 1571-ben nyilvánították a főváros Manila Fülöp-szigetek, ez lett átalakult hasonlatosságára a középkori európai város templomai, palotái és a városháza stílusában épült a spanyol barokk. A jelenlegi épület a templom, a Santa Cruz-ben felújított, 1957-ben felújított, eredeti formájában. Azonban, lehetséges, hogy nyomait a torony jellemző ázsiai építészet. A templom oltára első pillantásra úgy tűnik, egy kicsit alábecsülte, de a világítás kialakítása tökéletesen.

Templom, a Santa Cruz található a Plaza Lacson (korábban Gojty Area), közel a híres Fontana Karredo épült 1882-ben tiszteletére "a legnagyobb jótevője a Fülöp-szigetek Francisco Karredo aki adományozott 10.000 peso építése az első vízellátó rendszer Manilában.