Zágrábi Egyetem a legrégebbi nemcsak Horvátországban, hanem Dél-Kelet-Európában. Időpontja, a hivatalos megalapítása tartják szeptember 23, 1669, amikor a római császár és a magyar-horvát király I. Lipót kiadott egy törvényt, elismerve a kiváltságokat és állapotát az egyetem oktatási intézmények, az egykori jezsuita akadémia, amely az engedélyező területén szabad királyi város Zágráb, az egykori fővárosa Királyság Horvátország és Szlavónia. Ez a dátum az elején a történelem, a Zágrábi Egyetem folytatott küzdelme során a végrehajtás a kapott jogokat, és így méltó hely között a hiteles és reprezentatív egyetemi és akadémiai Közép-Európában.

Története a Zágrábi Egyetem modern formájában kezdődik a kezdeményezést dzhyakovskogo püspök és prominens védnöke a horvát Josip Juraj Strossmayer, amikor 1861-ben javasolta, hogy szervezzenek az egyetem négy karral: orvosi, teológiai, filozófiai és jogi. A javaslatot több éve, és 1874-ben a horvát parlament elfogadta a kezdeményezést, és kiadott egy rendeletet, "az egyetem." Ugyanebben az évben az egyetem nevet változtatott, és vált ismertté, mint a modern Zágrábi Egyetemre.

1990 óta az egyetem megkapta a nagyobb autonómia, ugyanabban az időben kezdett a csatlakozás a bolognai folyamat.