Egy ősi legenda szerint 1364-ben a litván nemes elemzi Goshtautas meghívást 14 ferencesek és adott nekik otthont, hogy tudtak letelepedni az országban. Amikor Goshtautasa maradt, az összes szerzetest öltek meg. Valamivel később, a nemes meghívása ferences szerzetesek. Új szerzetesek telepedett egy másik helyen, és az a hely, a meggyilkolt szerzetesek, ő építette a templomot, tiszteletére nevezték el a Szent Kereszt.

1524-ben a templom leégett. 1635-ben ezen a helyen telepedett papok Bonifratrzy. Ők kezdték munkájukat, új templomot építettek a Szent Kereszt-ben alapított kolostor közelében, az azonos nevű, és kinyitotta a kolostorban kórházban. Később, a kórházban kiderült egy menedéket az elmebeteg. Goshtautasa katolikus templom által kiadott kolostor helyiségeiben. A pszichiátriai kórház működött itt 1903-ig, amikor is költözött az új épület épült kifejezetten a pszichiátriai kórházba.

1737-ben a templom leégett újra. 1748-ban a templomot felújították, a belső teljesen megjavított, hat oltárokat épített és Kost'ol'na Department-ben épült barokk stílusban. Csak díszített barokk homlokzatot és az épület a kolostor. Bár helyreállítása után a külső az épület és voltak elemei rokokó. Bent a templomban áll méltóságteljesen át a tágas szobák kő kereszt alakú boltívek. Érdekes kombinációja az építészeti elemek a barokk, a rokokó és a neorokokó.

A templomban van egy forrás, mely még ma is csodálatos. A legendák szerint a forrás váratlanul jelentkezett a szobor közelében, a Szeplőtelen Fogantatás. Ez az a hely, ahol a szerzetesek kínoztak megölték ferencesek. Azt mondják, hogy különösen előnyös a víz ennek a forrásnak a szenvedők szembetegségek.

A templom is van egy csodálatos kereszt, amely fel van szerelve az oltár felett. Az alábbiakban a kereszt egy kép a Boldogságos Szűz Mária gyermekével. Feltehetően a képet festett a 17. században, de az biztos, az eredete a festmény ismeretlen. Azt is sorolható a csodálatos alkotásait. Egy példányát a csodálatos festmény a Boldogságos Szűz Mária gyermekével, formájában freskók láthatók a fő templom homlokzata. Ez alatt egy boltíves oromfal épült 1737-ben a két oldalán tornyok a templom.

Között 1914 és 1924 a templomban tartott különleges szolgáltatást a diákok a litván iskolákban. Akkor, amikor Vilnius ben elfoglalták Lengyelország, nem végeztek a templomban szolgálatot a litván yazyke.V Bonifratr 1843 Megrendelni eltörölték, és a helyén a kolostor maradt csak képviseletüket. 1909-ben a templomot ismét javított. Végén az első világháború, 1924-ben, püspök Jurgis Matulaitis Bonifratr meghívást, hogy visszatérjen a kolostor a Szent Kereszt. Visszatérés a szerzetesek a kolostor nagyon időszerű. Megjavították a templom, felállításával hat oltárok vannak. Azt is rendeztek a kolostorban egy menedéket az idősek és a konyhán a rászorulóknak "Caritas".

Elején a második világháború, a testvérek vilniusi vontak Bonifratrzy rendelés. 1947-ben a kolostor védett a nővérek a gyülekezet "a Szeplőtelen Fogantatás a Boldogságos Szűz Mária." Azonban az jellemzően rövid életű. A szovjet hatóságok zárt 1949-ben, és a kolostor és templom. Az épületek a kolostor található lakások is.

1976-ban, a templom felújított és rendezett meg a vilniusi Filharmonikus Koncertterem, az úgynevezett "Kisterem a barokk." Voltak koncertek szervi zene.

Vilnius érsekség kapta vissza házaikba csak a rendszerváltás 1990-ben. A templom és kolostor épületeit felújítják és átvitték az újonnan felszentelt apácák Kongregáció Sisters "Szeplőtelen Fogantatás a Boldogságos Szűz Mária."